Em meio à fervorosa batalha contra os Novas, a humanidade decidiu optar por uma nova alternativa – O Projeto Evolution Pandora. Kazuya e as Pandoras da West Genetics são envidos para o Alasca em missão especial desse chamado Projeto E-Pandora, onde estão reunidas as melhores Pandoras de todas as Genetics do mundo. A princípio, as Pandoras “originais” serviriam para aprimorar a autenticidade das E-Pandoras, que são garotas normais com Stigmatas controlados através de medicação. Será mesmo este projeto a solução para o futuro da humanidade?